院的一大特征是其学术倾向往往与讲学者或山长的学术流派密切相关。

在儒家占传统文化主流的社会中，书院往往与儒家学术文化发展紧密联系在一起，如朱熹与白鹿洞书院、岳麓书院，吕祖谦与丽泽书院，陆九渊与象山书院，王守仁与姚江书院，东林党与无锡东林书院，阮元与学海堂、诂经精舍，张之洞与广雅书院，康有为与万木草堂等等。

这些书院不仅延续和弘扬了儒家的学术传统，也为儒家学术的转型奠定了一定的基础。

讲学是书院最主要的功能之一，对于书院而言，讲学是传播儒家学术文化、培养人才和开发民智的主要途径。“书院在发展历程中，始终以学术研究为主轴。”

许多书院人才济济，他们或在院内潜心钻研，或与不同学派及不同观点的学者进行学术辩论。讲会是书院讲学的重要组织形式，书院讲会的状况、水平，是学术思潮发展程度的重要标志。

朱熹与张栻的“岳麓之会”，它与朱熹、陆九渊、陆九龄、吕祖谦等人在江西信州的“鹅湖之会”，以及陆九渊与朱熹在白鹿洞书院的“义利之辩”，为史上著名的三大讲会事件。

历史上最著名的三次学术辩论与交流都发生在书院，这足以说明书院是学术研究和学术交流的重要场所。书院具有雄厚的师资力量，又有巨量的藏书资源，这为学术研究和学术活动奠定了坚实的基础。

书院虽然各有所属的学派，但殊途同归，大多以传播孔孟之道为己任，维护传统道统为底线。正如全祖望在中所指出的那样：

宋乾、淳以后，学派分而为三：朱学也，吕学也，陆学也。三家同时，皆不甚合，朱学以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而复以中原文献之统润色之，门庭径路虽别，要其归宿于圣人则一也。

书院把学术研究和教学两者紧紧结合起来，一方面，学术研究是书院教学的基础，这既提高了生徒钻研学术的能力，又培育了学术种子，壮大了学术队伍。

另一方面，教学和研究推广了书院的学术成果和各派的学术思想。以象山书院为例，陆九渊向弟子传授陆学后，