之间的科尔沁六部和喀尔喀五部，成为双方争夺的重要对象。科尔沁部部长明安和喀尔喀部的锡伯、卦勒察两部曾参加反建州的九部联军，失败后科尔沁部嗣部长奥巴首先服于后金。林丹汗率部逾兴安岭攻奥巴，被后金军败于赵城（今内蒙古克什克腾旗境内）。喀尔喀五部中的锡伯、卦勒察两部也先后为后金和林丹汗攻灭，其余巴林、翁牛特、扎鲁特三部亦相继臣服于后金。后金还诱使作为察哈尔东部前锋的土默特、敖汉、奈曼、喀喇沁四部离林丹汗而附已，林丹汗势力曰削。

明崇祯元年，后金兵大破林丹汗于锡尔哈、锡伯图、英汤图一带（今内蒙古林西至克什克腾旗一线），林丹汗势力被逐出西辽河流域。崇祯五年，后金主皇太极会同归附的蒙古各部大举进攻林丹汗。后金军冒雨西进，越兴安岭至达勒鄂漠（今内蒙古克什克腾旗达来若尔）。林丹汗不意敌军突至，渡上都河西奔，部众沿途散走十之七八。林丹汗逃至喀喇莽乃（今内蒙古商都），闻追军将至，仓猝走归化城（今呼和浩特），又西渡黄河而南。后金军在追击中飞骑散发布告，瓦解察哈尔部众。皇太极进归化城后，兵骑四出，俘获甚众，土默特余部亦降于后金。明崇祯七年，林丹汗在青海去世。次年，后金军继续进攻察哈尔余部，林丹汗之子额哲奉母献传国玺归降。鄂尔多斯部也为后金所并。至此，漠南蒙古全部统一于后金。

卫拉特蒙古系漠西蒙古的总称，呼伦贝尔大草原属于卫拉特蒙古族的一支，他们属于杜尔伯特部，其实也是过去科尔泌蒙古人的根基，科尔泌在蒙语中本来就是草原之箭，护卫者的意思，只是因为后来的一些原因迁徙至科尔泌草原一带。而杜尔伯特部最强大的首领分别是清廷册封的镇国公色楞，还有噶尔玛。呼伦贝尔大草原是色楞的领地，胡和鲁正是色楞的弟弟，他负责呼伦贝尔的南部草原。

色楞与噶尔玛都曾经随清军入关，并在清军征服各蒙古部落的战斗中屡立战功，周虎臣讨伐杜尔伯特部其实名言正顺。