江政府就让沈有容去补缺。沈有容想要为母亲守孝三年，屡屡推辞，但浙江催督益勤，不得以，只好在次年五月履任。不久，又调沈有容率步兵防守昌国卫所（今浙江象山东南）。此时，倭寇、海盗交相为害，宁波、绍兴、台州、温州都受到了严重破坏。宁波、温州两处参将都被降级、提问，只有沈有容因为在路上堵截得了首功题叙，所以秋天调任天津海防游击。浙江巡抚高举见到邸报后，将沈有容留在温、处，没有去成。沈有容在此地履任四年，温海晏然。

万历三十九年（1611）六月二十三日，有三只船进入沈有容防守的凤凰洋，因言语不通，沈有容通过写汉字来问，才知道是安南（今越南）商人裴光袍的商队，遇到风暴，飘至此地。但沈有容手下数十人却想将这一百二十九人当作倭寇杀了报功，并跪下求沈有容允许。沈有容坚持不允，并下令：“杀一夷者，即戮以徇”，众将士才稍稍安定下来。沈有容将此事上报朝廷，安南商队等候上谕的九个多月，衣食全都是沈有容供给的。考虑到陆行迟缓，特别派了三艘兵船护送他们到了广东，然后交接给广西巡抚送回安南。事后，沈有容认为此事“逾于平生辛苦战功十倍”。但不久，就有人诬告沈有容纳贿，沈有容无奈于万历四十一年（1613）正月乞归，一年八请，才得以在次年二月还乡。）

“情报部门倒是也有记录村山等安的命令是攻占台湾，因此其他被打散的倭寇不敢回去，洗劫了福建的料罗、大金卫所。这时，在家告归的董应举看不下去了，上书福建官员“闽海事，非参将沈有容不能了！”虽然董应举因为在京做官，没见过沈有容，但久闻其威名，所以大力推荐。于是黄承玄亲笔写信邀请沈有容，这时浙江也希望沈有容复职，沈有容一时没有决定。后来，黄承玄派太宁道林茂槐亲自到沈有容家聘请他，沈有容认为黄承玄大度，可以任人，所以在今年的三月重新回到福建，黄承玄当即任命他为水标参军。这次包围村山等安估计应该是沈有荣的操作，村山等安在今年二月离开的厦门地区，在三月到